固相萃取裝置可以分為自動固相萃取儀和手動固相萃取裝置。這個手動固相萃取裝置又可分為負壓型和正壓型兩大類。還有傳統的固相萃取裝置是以真空負壓為動力源使載入固相萃取柱的液體通過固相萃取柱。負壓型固相萃取裝置簡單，但由于這種裝置難以控制液體通過固相萃取柱的流速，而且平行操作時柱與柱之間的流速差異較大。與之相反，正壓型固相萃取裝置采用的是氮氣或空氣作為液體通過固相萃取柱的動力源。由于正壓型固相萃取裝置壓力平穩，流速容易控制，近年來收到實驗室工作人員的歡迎。
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